Grupos de investigación

Expresión génica y transferencia genética en bacterias

Alicia Bravo (CIB-CSIC)
abravo@cib.csic.es

Algunas bacterias comensales como Streptococcus pneumoniae y Enterococcus faecalis pueden volverse patógenas y causar infecciones graves, además de mostrar resistencia a múltiples antibióticos. Esta investigación busca comprender su comportamiento oportunista mediante el estudio de proteínas reguladoras que controlan la expresión génica en respuesta a señales ambientales. El objetivo es identificar nuevas dianas moleculares para desarrollar terapias antivirulencia que sirvan como alternativa a los antibióticos convencionales.

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Microbiología Ambiental y Biotecnología (MAB)

Miguel Matilla miguel.matilla@eez.csic.es

Tino Krell tino.krell@eez.csic.es

Marian Llamas marian.llamas@eez.csic.es

El grupo MAB de la EEZ estudia las interacciones bacterianas con su entorno y hospedadores, tanto beneficiosas como perjudiciales, mediante un enfoque multidisciplinar que integra microbiología, biología molecular, estructural y bioquímica. Analizan procesos como quimiotaxis, motilidad, virulencia, biofilm, y síntesis/degradación de antimicrobianos, utilizando patógenos humanos (Pseudomonas aeruginosa, Vibrio cholerae) y de plantas (Pectobacterium, Dickeya). El objetivo es identificar nuevos compuestos antimicrobianos y desarrollar estrategias antivirulencia, así como descubrir antimicrobianos de origen vegetal activos frente a patógenos humanos y vegetales.

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Grupo de investigación en farmacoepidemiología

Adolfo Figueiras Guzmán adolfo.figueiras@usc.es 

Grupo de investigación multidisciplinar con amplia experiencia en el diseño e implementación de intervenciones comunitarias dirigidas a mejorar el uso de antibióticos.

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Grupo de investigación en bacteriófagos

Amaia Lasagabaster (AZTI)
alasa@azti.es

El Grupo de Investigación en Bacteriófagos de AZTI, perteneciente al Área de Calidad, Seguridad e Inocuidad Alimentaria, trabaja en el desarrollo de soluciones naturales basadas en bacteriófagos para el control de patógenos en la cadena agroalimentaria. Con un equipo multidisciplinar y experiencia en microbiología aplicada, biología molecular y tecnología de los alimentos, el grupo busca aplicar estas herramientas innovadoras en acuicultura, producción animal y seguridad alimentaria, desde la producción hasta el consumo.

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Microbiología y calidad de frutas y hortalizas

Ana Allende/Pilar Truchado (CEBAS)
aallende@cebas.csic.es / ptruchado@cebas.csic.es

El grupo investiga la calidad y seguridad microbiológica de alimentos vegetales desde la producción hasta el procesado. La línea incluye la gestión de la seguridad del agua utilizado tanto en la producción como el procesado. El grupo está especializado en la detección de microorganismos patógenos y en particular en la evaluación del impacto de la resistencia a antimicrobianos (AMR), evaluando tanto su transmisión en la cadena alimentaria y al medio ambiente, en un enfoque alineado con los principios de One Health. Integra secuenciación de nueva generación (NGS) con conocimientos agronómicos. Aporta soluciones aplicadas para mejorar la seguridad y sostenibilidad de productos frescos.

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Hongos fitopatógenos

Antonieta De Cal y Cortina
cal@inia.csic.es 

El grupo de HONGOS FITOPATOGENOS es un grupo puntero de investigación en etiología, epidemiología y control de enfermedades vegetales causadas por hongos como demuestra la calidad de su amplia producción científica, su capacidad para obtener recursos de naturaleza competitiva, y sus relaciones científicas con otros grupos nacionales e internacionales relacionados con la materia. El grupo es pionero en la producción y formulación de agentes de biocontrol y el Control Biológico de enfermedades Vegetales y también en el estudio de la podredumbre parda de la fruta de hueso. Nuestro grupo cuenta con 2 profesor de investigación, 1 investigador cientifico, 1 Técnico Superior I+D+i y 1 Técnico especializado, que pueden aportar su amplia experiencia a problemas reales y abordarlos con perspectiva científica

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Functional Nanomaterials and Surfaces (Funnanosurf)

Arántzazu González Campo (ICMAB-CSIC)
agonzalez@icmab.es

El grupo se dedica a la síntesis molecular utilizando como plataformas moleculares derivados de la curcumina y ácidos borónicos. Así mismo a la funcionalización / o deposición de plataformas moleculares en superficies, partículas o films de forma covalente o supramolecular, para el desarrollo de materiales responsivos para su aplicación en el campo de los (bio)sensores y biomateriales (antimicriobianos y biomiméticos)

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Motores moleculares en nanobiotecnología

Elena Cabezón e Ignacio Arechaga (IBBTEC)
cabezone@unican.es; arechagai@unican.es

Caracterización bioquímica y estructural de motores moleculares implicados en el transporte de ADN y proteínas a través de membranas biológicas. Nuestro sistema modelo son las ATPasas implicadas en el transporte de ADN y proteínas en los sistemas conjugativos.

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Biología molecular de bacterias Gram-positivas

Gloria del Solar Dongil (CIB-CSIC)

gdelsolar@cib.csic.es 

– Caracterización bioquímica y estructural de las interacciones proteína-proteína, proteína-DNA y proteína-RNA implicadas en la replicación del DNA plasmídico y en la regulación de la expresión génica.
– Producción de compuestos bioactivos por bacterias lácticas.
– Construcción de vectores plasmídicos promiscuos para la caracterización de regiones reguladoras, la clonación y expresión génica y el marcaje fluorescente de bacterias.

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Nanostructured Molecular Materials for
Biomedicine Applications (NANOMOL-BIO)

Inma Ratera (ICAMB-CSIC)
lorem.ipsum@csic.es

El grupo NANOMOL-BIO se dedica a la síntesis, caracterización fisicoquímica y desarrollo de (nano)materiales moleculares y poliméricos para aplicaciones biomédicas: (i) terapia, (ii) diagnóstico, (iii) prevención y (iv) medicina regenerativa.

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Control de la Contaminación de Suelos y Agua (CONSOWAT)

Jaime Villaverde Capellán (IRNAS-CSIC)
El grupo CONSOWAT trabaja en el diseño de estrategias para minimizar la contaminación de suelos y aguas, contribuyendo al desarrollo de nuevas tecnologías respetuosas con el medioambiente que den lugar a una gestión más sostenible del sistema suelo-agua.

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Ciencia, Vida y Sociedad

Jesús Rey Rocha
jesus.rey@csic.es 

 • Aspectos científicos, sociales y filosóficos de las pandemias ambientales y sanitarias
• Crisis ambiental y ecológica
• Retos, impactos e implicaciones sociales y filosóficas de la investigación sobre la vida
• Relación del ser humano con el resto de formas de vida
• Ciencia y democracia
• Percepción de la ciencia
• Comunicación de la ciencia
• Transferencia de conocimiento
• Impacto social de la ciencia

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Ingeniería de proteínas frente a la resistencia a antimicrobianos

Jesús Miguel Sanz Morales (CIB-CSIC)
jmsanz@cib.csic.es

Desarrollamos una investigación eminentemente básica orientada al estudio biofísico de proteínas de relevancia bacteriana con el objetivo de desarrollar nuevas moléculas moduladoras de su actividad y que puedan representar antibióticos novedosos con los que combatir el problema de la resistencia a antimicrobianos. Además, empleamos procedimientos nanotecnológicos para mejorar la efectividad y la aplicabilidad de las moléculas que desarrollamos.

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Clinical Research in Pneumonia & Sepsis (CRIPS)

Jordi Rello

jrello@crips.es 

Clinical and Translational Research

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Ecología y evolución de zoonosis emergentes / Biología de la conservación y cambio global

Jordi Figuerola
jordi@ebd.csic.es

Dispersión de AMR por fauna salvaje: combinando el estudio de la incidencia de bacterias resistentes en aves silvestres y el análisis de los patrones de movimiento de las aves.

Análisis del microbioma de mosquitos, su modificación con antibióticos y sus efectos la transmisión y desarrollo de distintos patógenos como los protozoos del género Plasmodium y el virus West Nile.

Dispersión de patógenos por fauna silvestre en un contexto de cambio global, combinando el estudio de procesos como la migración estacional y la dispersión de parásitos como los protozoos del género Plasmodium.

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AESA – Super Resisters Lab

Rafael Pagán Tomás / Diego García Gonzalo
dgarcia@unizar.es

Grupo creado dentro del Grupo de Investigación Análisis y Evaluación de la Seguridad Alimentaria (AESA), que propone como objetivo general el análisis y evaluación de riesgos y la aplicación de tecnologías avanzadas en el área de la agroalimentación, para la mejora de la calidad y seguridad alimentarias. Nuestro grupo Super resisters Lab se centra en el estudio de la resistencia antimicrobiana a lo largo de la cadena alimentaria y en el desarrollo de nuevos antimicrobianos de aplicación en alimentos.

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AESA – Super Resisters Lab

Rafael Pagán Tomás / Diego García Gonzalo
dgarcia@unizar.es

Grupo creado dentro del Grupo de Investigación Análisis y Evaluación de la Seguridad Alimentaria (AESA), que propone como objetivo general el análisis y evaluación de riesgos y la aplicación de tecnologías avanzadas en el área de la agroalimentación, para la mejora de la calidad y seguridad alimentarias. Nuestro grupo Super resisters Lab se centra en el estudio de la resistencia antimicrobiana a lo largo de la cadena alimentaria y en el desarrollo de nuevos antimicrobianos de aplicación en alimentos.

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Plasmidómica funcional

M. Pilar Garcillán Barcia (IBBTEC)

garcilmp@unican.es

Estudiamos las similitudes y diferencias genéticas entre plásmidos de distintas bacterias para comprender la evolución, diversidad y funciones de los mismos. Investigamos la presencia y el papel del Sistema de Secreción Tipo 6 codificado por plásmidos bacterianos y su posible interferencia con la transferencia genética horizontal. Exploramos mecanismos genéticos que evitan o regulan la transferencia de plásmidos entre bacterias, los cuales limitan la propagación de genes como los de resistencia antimicrobiana.

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Sistemas de secreción Tipo IV bacterianos

Matxalen Llosa, CU

Nuestro grupo está interesado en la transferencia horizontal de información, especialmente la mediada por el proceso de conjugación bacteriana. Estudiamos el mecanismo y la posibilidad de manipular la maquinaria con fines biotecnológicos, para la modificación genética de células de difícil manipulación, tanto procariotas como eucariotas. También nos interesa el estudio de dicha transferencia en entornos naturales.

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Regulación génica en Streptomyces

Margarita Díaz Martínez (IBFG)

mardi@usal.es

El objetivo principal del grupo es contribuir a desentrañar parte de la compleja red de regulación de la producción de antimicrobianos en actinomicetos. Otro de los objetivos es aislar nuevos productores. La finalidad de estos estudios es buscar sus aplicaciones biotecnológicas en la mejora de su producción, bien manipulando esta regulación o utilizando estos microorganismos como control biológico de patógenos de plantas.

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Biosistemas e Ingeniería de Bioprocesos

Míriam Rodríguez García

miriamr@iim.csic.es 

-Modelado matemático de las dinámicas de poblaciones y evolución bacteriana bajo estrés antimicrobiano.

-Fabricación y puesta a punto de morbidostatos para la optimización y seguimiento en tiempo real de la evolución de bacterias a estrés antimicrobianos.

-Aplicaciones de los modelos, mayoritariamente en la industria alimentaria. Normalmente el producto final es un software, modelo, código o aplicación web que permita resolver u optimizar virtualmente (gemelo digital) el caso concreto de interés

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Laboratorio de biología estructural

Patricia Casino (Universitat de València/Instituto Universitario Biotecmed)

patricia.casino@uv.es

Estudios de biología estructural aplicada para descifrar las bases moleculares de mecanismos de transducción de señales en microorganismos y abordar su inhibición

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Virología ambiental y biomédica

Pilar Domingo-Calap (I2SysBio- UV, CSIC)

pilar.domingo@uv.es 

La investigación del laboratorio EnBiVir se centra en el aislamiento y la detección de virus en la naturaleza con aplicaciones biomédicas y biotecnológicas. La virología ambiental, la emergencia viral, la evolución del virus y el descubrimiento de bacteriófagos en el contexto biomédico son las líneas de investigación principales.

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DairySafe

Pilar García Suárez (IPLA-CSIC)

El grupo DairySafe investiga nuevos antimicrobianos naturales para combatir bacterias patógenas en el ámbito clínico y alimentario, con un enfoque en productos lácteos. Desarrollan estrategias sostenibles de bioconservación basadas en bacteriocinas y bacteriófagos, y estudian la respuesta al estrés en bacterias lácticas para mejorar cultivos iniciadores. En línea con el enfoque One Health, su trabajo se centra en alternativas frente a patógenos como Staphylococcus aureus MRSA, buscando productos innovadores que complementen a los antibióticos tradicionales.

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Amiloides Bacterianos Sintéticos (SynBAmyl)

Rafael Giraldo (CNB-CSIC)

rgiraldo@cnb.csic.es

Ingeniería de proteínas amiloides. Basándonos en la plasticidad conformacional de la proteína bacteriana RepA-WH1, generamos un modelo sintético mínimo de una proteinopatía bacteriana que mimetiza las vías genéricas de citotoxicidad presentes en enfermedades neurodegenerativas. Esto permitió el desarrollo de dispositivos macromoleculares bioseguros que, implementados en bacterias, modulan la amiloidogénesis con fines biotecnológicos, ambientales y biomédicos. Nuestros últimos logros son porinas de membrana externa bacterianas diseñadas para la biorremediación de péptidos y proteínas amiloides extracelulares.

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Departamento de biogeoquímica y ecología microbiana

Rafael Laso Pérez (MNCN-CSIC)

Rafael.laso@mncn.csic.es

Nuestro grupo utiliza herramienta bioinformáticas para entender la diversidad, función y ecología microbiana en todo tipo de ambientes: desde el océano hasta las aguas residuales. Usamos técnicas ómicas para reconstruir genomas de microorganismos y entender su potencial metabolismo. En el contexto de la resistencia a antibióticos, tenemos un proyecto de plan nacional para obtener la primera idea del resistoma de aguas residuales del Canal de Isabel II (Madrid).

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Nanobiotecnología para el Diagnóstico (Nb4D)

M.-Pilar Marco (IQAC-CSIC)

pilar.marco@iqac.csic.es

El grupo de Nanobiotecnología para el Diagnóstico (Nb4D) es un equipo multidisciplinar donde químicos, bioquímicos, biólogos o farmacéuticos, entre otros, aúnan esfuerzos para investigar en nuevas aproximaciones nanobiotecnológicas de uso en aplicaciones diagnósticas (tanto en salud como en seguridad alimentaria y control medioambiental) como terapéuticas. Dichas aproximaciones se basan en el uso de anticuerpos y su integración en diferentes plataformas tecnológicas, desde el ensayo ELISA de laboratorio hasta los chips de microarray, los tests de flujo lateral o biosensores. El grupo tiene una vasta experiencia en el desarrollo de anticuerpos e inmunoensayos contra todo tipo de analitos, incluyendo compuestos de bajo peso molecular, intrínsecamente no inmunogénicos.

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Grupo de biología molecular estructural

Rafael Molina Monterrubio

rmolina@iqf.csic.es 

Estudiamos la competencia entre bacterias y sus fagos enemigos, centrándonos en la base molecular de los sistemas de defensa antivirales procariotas y las contramedidas virales. Para abordarla, utilizamos una combinación de técnicas de bioinformática, biología molecular, bioquímica y biología estructural. Comprender la dinámica de las interacciones entre estos microorganismos tiene profundas implicaciones para las terapias basadas en fagos y el desarrollo de nuevas herramientas biotecnológicas.

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Relojes y reglas en la vida

Saúl Ares (CNB-CSIC)

saul.ares@csic.es 

El grupo “Relojes y Reglas en la Vida”, liderado por el Dr. Saúl Ares García, se centra en la aplicación de modelos cuantitativos de biología de sistemas para entender la regulación temporal y espacial en sistemas biológicos, incluyendo la dinámica de resistencia a antibióticos y patrones macroecológicos en comunidades microbianas.

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Unidad de control de la regulación génica en patógenos

Teresa Cortes Mendez (IBV-CSIC)

tcortes@ibv.csic.es 

La Unidad de Control de la Regulación Génica en Patógenos investiga cómo los patógenos microbianos infectan, sobreviven y desarrollan resistencia a antibióticos, combinando técnicas moleculares avanzadas y análisis bioinformáticos. Su línea principal se centra en el papel de la regulación traduccional en la adaptación y resistencia en bacterias, con un enfoque especial en Mycobacterium tuberculosis. Integran datos de secuenciación masiva con biología molecular y bioquímica para identificar nuevos mecanismos de regulación. Además, estudian la evolución del ribosoma en micobacterias y la adaptación de patógenos a condiciones de estrés mediante enfoques ‘ómicos’.

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Laboratorio de bacterias lácticas y probióticos

Vicente Monedero, Manuel Zúñiga (IATA-CSIC)

btcmon@iata.csic.es
btcman@iata.csic.es

Biotecnología de bacterias lácticas: aplicaciones en alimentación y salud.

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Bioquímica de sistemas de la división bacteriana

Germán Rivas Caballero grivas@cib.csic.es 
Silvia Zorrilla López silvia@cib.csic.es 

Nuestro programa de investigación integra bioquímica, biofísica y biología sintética ascendente para descifrar los mecanismos moleculares que gobiernan la organización funcional de la maquinaria de división celular bacteriana (el divisoma). Nuestro objetivo es reconstituir divisomas mínimos que replican las características esenciales de la división bacteriana en medios citomiméticos. Estos estudios, que se alinean con el gran reto de generar células sintéticas a partir de sus componentes, mejorarán nuestra comprensión de cómo las células se dividen y abrirán nuevas avenidas para la investigación sobre antimicrobianos.

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Microbiología molecular

Victor Ladero

El grupo de Microbiología Molecular trabaja en el estudio de las bacterias del ácido láctico (BAL) y sus bacteriófagos, con el objetivo final de contribuir a mejorar la seguridad y calidad de los alimentos fermentados, así como la salud del consumidor. Su investigación se ha centrado en el género Enterococcus debido a que por un lado son responsables de la acumulación de aminas biógenas (AB)-compuestos tóxicos- en quesos y además son responsables de infecciones nosocomiales por cepas multirresistentes. Entre sus capacidades está el análisis de genomas para identificar la presencia de resistencias a antibióticos y el uso de bacteriófagos para reducir la presencia de AB en alimentos. Dispone de una colección de fagos e Enterococcus, algunos de los cuales son capaces de infectar a cepas resistentes a vancomicina o linezolid.

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Polymers and soft matter

Silvina Cerveny 

scerveny@csic.es

Ivan Sasselli Ramos

i.sasselli@csic.es

Inspirándose en la física clásica de polímeros, la física de la materia blanda y la física de la materia condensada, este grupo ha desarrollado una metodología robusta y pionera para investigar la estructura y la dinámica de polímeros, biopolímeros y soluciones acuosas en diversas longitudes y escalas de tiempo. Nuestra metodología combina diferentes técnicas de relajación experimental con inteligencia artificial. Recientemente, hemos creado múltiples soluciones basadas en polímeros biodegradables, centrándonos en aplicaciones en diversos campos, como la remediación de aguas, la energía, la catálisis y la salud.

El equipo liderado por Ivan Sasselli en el Centro de Física de Materiales (CFM, CSIC-UPV/EHU) combina métodos computacionales y experimentales en un enfoque simbiótico para diseñar nanostructuras peptídicas supramoleculares funcionales. A través de este enfoque, conectan la secuencia, las características estructurales y la función, tanto para comprender los mecanismos de acción como para optimizar el rendimiento. En paralelo, trabajan en el desarrollo de métodos computacionales  para la simulación de dinámica molecular de péptidos cortos. Su objetivo es desarrollar estos materiales como andamiajes para la regeneración de tejidos con propiedades antimicrobianas, con potenciales aplicaciones en cirugía, y con futuras extensiones hacia la medicina regenerativa y materiales terapéuticos avanzados.

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Grupo de epigenética bacteriana

María Antonia Sánchez Romero

mtsanchez@us.es

Estudio de los mecanismos no-genéticos implicados en la adaptación bacteriana a los cambios ambientales y a la resistencia a antibióticos.

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Reconocimiento célula-biomaterial

Rosa María Lozano Puerto (rlozano@cib.csic.es)

Obtención de nuevas superficies sobre materiales metálicos para su uso como implantes osteoarticulares con mayor durabilidad, menor respuesta inflamatoria y con propiedades antibacterianas (Área III y VII de la Conexión-AMR)
Empleo de tecnologías limpias para evitar la formación de biofilms bacterianos y mitigar los problemas asociados al biofouling en entornos marinos y en agua dulce (Área I y IV de la Conexión-AMR: Medio ambiente e Investigación básica).

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Infección grave

María Ángeles Tormo Mas (tormo_man@iislafe.es)

Grupo multidisciplinar acreditado en el 2011 y dirigido por la Dra Mª Ángeles Tormo Mas. Está compuesto por más de 30 investigadores, especialistas en microbiología, enfermedades infecciosas, epidemiología, medicina intensiva, traumatología, pediatría, neumología y medicina preventiva. El principal objetivo del grupo es desarrollar investigación básica epidemiológica y clínica en el campo de las enfermedades infecciosas para mejorar el diagnóstico, las tasas de supervivencia, el manejo terapéutico y la calidad de vida de pacientes con infecciones graves. Infección Grave es un grupo muy dinámico que colabora en numerosos publicaciones, proyectos nacionales e internacionales y ensayos clínicos, reflejando la orientación traslacional del grupo desde la investigación básica hasta el manejo de los actuales problemas clínicos en enfermedades infecciosas.

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Ingeniería molecular de enzimas

Julia Marín Nacarro

juvicma@uv.es

Biomateriales avanzados y biotecnología

Julia Revuelta (julia.revuelta@iqog.csic.es)

En el grupo de Biomateriales Avanzados y Biotecnología, desarrollamos nuevos biomateriales avanzados con aplicaciones terapéuticas, centrándonos en la creación de polímeros bioactivos y estrategias innovadoras para combatir infecciones bacterianas persistentes y cáncer, fundamentalmente. Aplicamos síntesis sostenible, biocatálisis y ciencia de materiales para diseñar sistemas inteligentes capaces de responder a estímulos del microambiente del foco patológico para la erradicación de biofilms resistentes y combatir infecciones y procesos cancerígenos.
Además, exploramos nuevos métodos sostenibles y biotecnológicos para la obtención de quitosano a partir de fuentes alternativas, con un enfoque claro en la sostenibilidad.

Biomateriales avanzados y biotecnología

Julia Revuelta (julia.revuelta@iqog.csic.es)

En el grupo de Biomateriales Avanzados y Biotecnología, desarrollamos nuevos biomateriales avanzados con aplicaciones terapéuticas, centrándonos en la creación de polímeros bioactivos y estrategias innovadoras para combatir infecciones bacterianas persistentes y cáncer, fundamentalmente. Aplicamos síntesis sostenible, biocatálisis y ciencia de materiales para diseñar sistemas inteligentes capaces de responder a estímulos del microambiente del foco patológico para la erradicación de biofilms resistentes y combatir infecciones y procesos cancerígenos.
Además, exploramos nuevos métodos sostenibles y biotecnológicos para la obtención de quitosano a partir de fuentes alternativas, con un enfoque claro en la sostenibilidad.

Laboratorio de enfermedades infecciosas y descubrimiento de fármacos

Inmaculada Pérez Dorado

jiperez@iqf.csic.es

Nuestro grupo está interesado en el estudio de interacciones huésped-patógeno utilizando enfoques de biología estructural y biofísica, con el objetivo de comprender las bases moleculares que subyacen a estos eventos e identificar nuevas dianas para el desarrollo de antimicrobianos. En este sentido, estamos familiarizados con métodos de descubrimiento de fármacos guiados por la estructura, que pretendemos emplear para desarrollar nuevas estrategias bacteriostáticas y combatir la resistencia a los antimicrobianos.

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Unidad de regulación de síntesis de proteínas

Jose Luis Llacer Guerri

jllacer@ibv.csic.es

Regulación de la traducción: Eucariotas y procariotas.
Proyectos en colaboración sobre: i) estudio de los mecanismos moleculares de la entrada (y su inhibicion por posibles antivirales) de SARS-CoV-2 a través de su proteína de la espícula. ii) Regulación del metabolismo del nitrógeno y la transcripción bacteriana mediadas por las proteínas PII, el factor de transcripción NtcA y la proteína PipX. iii) Caracterización mediante cryoEM de enzimas metabólicos eucarióticos implicados en el metabolismo de la arginina/prolina como P5CS, NAGS o el metabolón NAGS-NAGK

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Cristales líquidos y polímeros

Milagros Piñol Lacambra

mpinol@unizar.es 

La investigación del grupo está enfocada hacia la preparación de polímeros con arquitectura, funcionalidad química y propiedades optimizadas para el desarrollo principalmente de nanosistemas e hidrogeles de aplicación médica en terapia o diagnosis.

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Películas y Partículas Nanoestructuradas (NFP)

Jesus Santamaría Ramiro

jesus.santamaria@unizar.es 

El hilo conductor de las áreas de investigación de NFP es la síntesis de nanomateriales en una multiplicidad de formas y estructuras. Nos interesa el desarrollo de métodos que nos permitan sintetizar materiales a escala nanométrica de forma precisa y escalable. Nuestros procedimientos de síntesis están diseñados para dotar al producto final de las propiedades necesarias para la aplicación deseada. Este puede ser un objetivo muy complejo. Por lo tanto, para aplicaciones en nanomedicina, nuestras estructuras deben realizar una función específica (p. ej., administrar una carga terapéutica a un tumor in vivo o a una infección bacteriana), pero al mismo tiempo deben cumplir una amplia gama de requisitos, como ser biodegradables o, al menos, biocompatibles, capaces de evadir el sistema inmunitario y, en ocasiones, también capaces de activación remota, etc. Esto implica la fabricación de arquitecturas complejas con precisión a escala nanométrica. De manera similar, en otros campos de aplicación dentro de nuestra cartera de investigación (por ejemplo, superficies nanoestructuradas para reconocimiento molecular o nanomateriales para fotocatálisis ambiental), el producto final siempre requiere un diseño cuidadoso y una fabricación precisa para lograr las características excepcionales que son el sello distintivo de la nanoescala.

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Unidad de genómica microbiana aplicada

Francesc Coll I Cerezo

fcoll@ibv.csic.es 

En la Unidad de Genómica Microbiana Aplicada trabajamos en las aplicaciones de la secuenciación genómica como herramienta de investigación básica, de vigilancia epidemiológica y diagnóstico de infecciones bacterianas. Empleamos técnicas avanzadas de genómica de poblaciones para caracterizar las bases genéticas de la adaptación y fenotipos bacterianos, con particular énfasis en las resistencias a antibióticos; así como en métodos de vigilancia genómica para estudiar la epidemiología de bacterias patógenas.

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Human Exposomics (Expo-Hum)

Pablo Gago Ferrero
Montserrat Marques Bueno

Nuestra investigación aprovecha los últimos avances en química analítica, en particular la espectrometría de masas de alta resolución (EMAR), para explorar todo el espectro de sustancias químicas que se acumulan -o pseudoacumulan- en el cuerpo humano y sus fuentes ambientales. Para comprender mejor los posibles riesgos para la salud asociados a estas exposiciones, integramos: i) Metabolómica para estudiar las alteraciones en las vías metabólicas causadas por la exposición a sustancias químicas; ii) colaboración epidemiológica para evaluar las asociaciones con resultados adversos para la salud.

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Análisis Químico Industrial y Medioambiental (ANQUIMED)

Esteban Alonso Álvarez 

ealonso@us.es 
El equipo de investigación dispone de instrumentación destacable para la determinación de contaminantes en diferentes matrices ambientales, como sistemas de tratamiento de muestras líquidas y sólidas avanzados tales como sistema de extracción en fase sólida, sistemas de microextracción en fase sólida, ultrasonidos, microondas y sistema de extracción con líquidos presurizados; y equipos para la determinación cromatográfica, entre ellos 2 cromatógrafos de gases con detector FID, un cromatógrafo de gases con detector mediante espectrometría de masas de triple cuadrupolo y sistema de inyección multimodo, 2 cromatógrafos de líquidos con detectores de fila de diodos y fluorescencia y 2 cromatógrafos de líquidos con detector de espectrometría de masas de triple cuadrupolo.

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Degradación y durabilidad de biomateriales metálicos

M Cristina García Alonso

crisga@cenim.csic.es 

Desarrollo de nuevas superficies sobre materiales metálicos para su aplicación como implantes osteoarticulares con mayor durabilidad, menor respuesta inflamatoria y con propiedades antibacterianas.
Aplicación de tecnologías limpias para evitar la formación de biofilm bacteriano sobre superficies metálicas y mitigar los problemas derivados de la incrustación biológica en entornos marinos y en agua dulce.

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Microbiota, infección e inflamación

Carles Ubeda

carles.ubeda@fisabio.es 

Nuestro grupo trata de entender los mecanismos moleculares que permiten a patógenos resistentes a antibióticos colonizar el intestino, como paso previo a la diseminación y posterior infección. Además, tratamos de entender como el microbioma es capaz de inhibir este primer paso de colonización por el patógeno. Para ello analizamos muestras de pacientes y utilizamos modelos de ratón.

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Redes de interacciones moleculares en división bacteriana

Begoña Monterroso Marco

bmonterroso@iqf.csic.es 

Aplicación de métodos biofísicos ortogonales (dispersión de luz estática y dinámica, espectroscopías, ultracentrifugación analítica, etc.) para la caracterización de los complejos macromoleculares y sus interacciones. La reconstitución funcional de estos sistemas en medios citomiméticos que imitan el aglomerado entorno intracelular permite caracterizar el efecto de esta aglomeración fisiológica y, en su caso, de la presencia de la membrana lipídica, en la reactividad y localización de las macromoléculas.

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Evolución de consorcios y estirpes bacterianas degradadores de fármacos y resistentes a antibióticos

Amando Flores

aflodia@upo.es 

En el grupo estamos interesados en el estudio de lo procesos que ocurren durante la evolución de comunidades microbianas para generar consorcios y bacterias degradadoras de fármacos y antibióticos. Al mismo tiempo, esto nos permite abordar estudios sobre las rutas y genes implicados y los sistemas de regulación de la expresión génica. Por otra parte, mediante metagenómica funcional, trabajamos en la identificación de genes de resistencia a antibióticos de uso restringido presentes en distintas muestras ambientales.

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Biosensores y sistemas de detección

Alejandro Barranco

abarranco@azti.es 

El grupo de biosensores y sistemas de detección lleva a cabo investigación en nuevas herramientas que permitan la detección de marcadores químicos y biológicos de un modo más rápido, sencillo y de bajo coste con el fin de que puedan ser utilizados por diferentes tipologías de usuarios finales. Con este fin, el grupo también trabaja en el diseño y optimización de protocolos de extracción y limpieza de la muestra que sean compatibles con dichas herramientas.
Además de la detección de marcadores químicos nuestro grupo también trabaja en la evaluación del efecto de dichas sustancias en diferentes enzimas involucradas en el metabolismo de sustancias endógenas y exógenas. Estos ensayos permiten la evaluación de efectos combinados (cocktail effects).

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Laboratorio de Materiales Inorgánicos y Catálisis (LMI)

Rosario Núñez

rosario@icmab.es 

EL objetivo del grupo es diseñar, modificar y evaluar nuevos materiales funcionales moleculares e híbridos basados en clústeres de boro, impulsando su aplicación en campos críticos como la energía sostenible, protección del medio ambiente y medicina. En relación con AMR, estamos desarrollando actualmente nuevos fotosensibilizadores (PSs) mediante la conjugación de distintos tipos de clústeres de boro con núcleos BODIPY, porfirinas y complejos de Ru polipiridínicos. Estos nuevos PSs presentan una alta eficiencia en la generación de oxígeno singlete y largas vidas medias, lo que los convierte en candidatos prometedores para aplicaciones de terapia fotodinámica (PDT) antibacteriana y anticancerígena.

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Tensioactivos y Líquidos Iónicos Biocompatibles (BSILs)

María Teresa García

Teresa.garcia@iqac.csic.es 

Nuestro objetivo es desarrollar tensioactivos y líquidos iónicos biocompatibles y biodegradables. Los tensioactivos y los líquidos iónicos con estas propiedades cubrirían, en parte, las necesidades de una serie de industrias tales como la industria de la alimentación, la cosmética y la farmacéutica.

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Polímeros y materia blanda, arquitecturas supramoleculares

Ivan Sasselli Ramos

i.sasselli@csic.es 

El equipo liderado por el Dr. Ivan Sasselli tiene como objetivo la combinación simbiótica de métodos experimentales y computacionales para el desarrollo de materiales peptídicos autoensamblados con propiedades definidas en función de su secuencia. Paralelamente, el equipo también se centra en comprender cómo estas propiedades determinan la interacción de los materiales con las interfases biológicas. Finalmente, este conocimiento se orienta al diseño de materiales con interacciones modulables con distintos tipos de membranas, con el fin de desarrollar sistemas que integren propiedades optimizadas para la regeneración tisular y la actividad antibacteriana, destinados a su aplicación en cirugías regenerativas.

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Ana de la Torre

torre@inia.csic.es 

La resistencia a antimicrobianos constituye uno de los mayores desafíos de salud pública del siglo XXI. En EySa evaluamos el rol del medio ambiente en la epidemiología de las resistencias antimicrobianas. Nuestras dos líneas de estudio principales son:
• Ecoepidemiología de las resistencias antimicrobianas en el medio ambiente y su impacto en la vida silvestre y la cadena alimentaria
• Evaluación del riesgo ambiental de los medicamentos de uso veterinario.
Estos abordajes se realizan mediante la detección directa de ADN en el resistoma ambiental y el desarrollo de modelos geoespaciales de vulnerabilidad de hábitats a los antimicrobianos y las resistencias.

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Grupo BioNanoSurf

Scott Mitchell

scott.mitchell@csic.es 

La investigación del Redox Active Materials Group se centra en abordar los desafíos globales en la atención médica y la gestión ambiental a través de innovaciones en la ciencia de los materiales. Nuestra estrategia experimental enfatiza el diseño molecular y la síntesis de materiales funcionales sensibles (incluidos polioxometalatos, nanopartículas y materiales poliméricos) compatibles con las demandas únicas de áreas tan diversas como la salud, la catálisis y el patrimonio cultural. Un aspecto clave de nuestra investigación es el circuito de retroalimentación entre la ciencia fundamental y la aplicada, donde comprender las interacciones entre moléculas o materiales con diferentes superficies y biología es crucial para modular y refinar los materiales hasta su aplicación final.

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Grupo efectos contaminantes ambientales

Azucena Bermejo Nogales

bermejo.azucena@inia.csic.es

Estudio de mecanismos de aparición de resistencias a sustancias de uso agrario en poblaciones de especies diana y no diana, transfiriendo el conocimiento generado a las entidades regulatorias y al sector productivo.

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Cultivos lácteos funcionales

Baltasar Mayo Pérez
baltasar.mayo@ipla.csic.es 

1. Microbiología de productos lácteos tradicionales y selección de fermentos

2. Microbiología gastrointestinal humana y selección de probióticos

Grupo de acuicultura sostenible y Biotecnología

Montserrat Pérez Rodríguez

montse.perez@ieo.csic.es

Alma Hernández de Rojas

alma.hernandez@ieo.csic.es 

Diseño de piensos funcionales para una mejora de la salud y digestibilidad de los animales de cultivo marino mediante la adición de Probióticos Aditivos (macro, micro algas y biocarbones)

Aislamiento de microorganismos probióticos de origen marino para su uso en el cultivo de especies animales

Unidad de cristalografía de macromoléculas

Alberto Marina

amarina@ibv.csic.es

Bases moleculares de mecanismos de señalización y comunicación en el mundo bacteriano.

• Señalización bacteriana por sistemas de dos componentes.
• Comunicación entre elementos genéticos móviles por sistema arbitrium
• Mecanismos de represión en fagos
• Mecanismos de terminación transcripcional

Ciencia, Tecnología y Sociedad (CTS)

María Jesús Santesmases mariaj.santesmases@cchs.csic.es 
Andrea Núñez Casal (andrea.casal@cchs.csic.es )

Relaciones humanas-microbianas
Estudios sociales y de historia reciente de la RAM
Estudios socioculturales de microbios
Microbiología, corporalidad y desigualdades sociales
Experiencias vividas de infecciones y RAM
RAM y microbioma humano
Salud inter/multiespecie en la ciudad
Microbios, género y decolonialidad del ¨Buen Vivir¨
Metodologías para desmedicalizar infecciones recurrentes (e.j. ITU-R)

Web

Estructura, dinámica y función de genomas de rizobacterias

Nicolás Toro (ntoro@eez.csic.es)
Francisco Martínez-Abarca (fmabarca@eez.csic.es)

Transcriptasas inversas bacterianas asociadas a sistemas de defensa frente a fagos. El objetivo de esta línea es explorar las características bioquímicas, la función y el mecanismo molecular del papel de las transcriptasas inversas (RT) en varios sistemas de defensa frente a virus como RT/CRISPR-Cas, RT/Retron y otros sistemas RT (Unkwown Groups).

Web

Virología Ambiental y Seguridad Alimentaria 

Gloria Sánchez Moragas (gloriasanchez@iata.csic.es)
Alba Pérez Cataluña (alba.perez@iata.csic.es)

Vigilancia epidemiológica en aguas residuales y diseminación de ARB y ARGs en la cadena alimentaria

Web

Bacterias lácticas y probióticos

IP: Maria Carmen Collado (mcolam@iata.csic.es )
Manuel Bernabeu (mbernabeu@iata.csic.es)

Impacto de la exposición a antibióticos en la
microbiota en el entorno materno-infantil.
Transferencia vertical y horizontal de bacterias con
resistencias a antibioticos.
• Impacto de la dieta y sus componentes en la
modulación del resistoma materno-infantil.
Relevancia de la lactancia y los componentes
bioactivos de la leche materna.
• Desarrollo de nuevos- bióticos o bioterapeuticos
para reducir y modular la adquisición de
resistencias a antibióticos

Web

Ingeniería macromolecular

Marta Fernández-García(martafg@ictp.csic.es)
Daniel López García (daniel.l.g@ictp.csic.es)
Alexandra Muñoz Bonilla (sbonilla@ictp.csic.es)
Coro Echeverría Zabala (cecheverria@ictp.csic.es)

Diseño y síntesis de nuevos monómeros y polímeros con funcionalidad definida

Preparación de micro y nanopartículas por polimerización por emulsión y precipitación

Preparación de fibras por electrohilado, electrofundido e hilado por fuerza centrífuga

Geles poliméricos multifuncionales con respuesta a estímulos

Materiales poliméricos híbridos y nanocompuestos

Procesado reactivo de polímeros

Polímeros biobasados y biodegradables

Web

Food microbiology and bioprocesses

Pasquale Russo (pasquale.russo1@unimi.it)

Selection and characterization riboflavin overproducing strains of lactic acid bacteria (LAB)
Selection and characterization of LAB strains with broad antimicrobial activity.

Evaluation of antimicrobial susceptibility according to EFSA recomandations in LAB and probiotics
Identification of ARGs by genome and microbial metagenome and virome analysis.

Isolation and characterization of lytic bacteriophages for controlling foodborne pathogen bacteria
Exploiting coevolutionary processes to mitigate the phage-resistant bacteria

Web

CIBERESP-44

Prof. Aurora Bueno-Cavanillas
abueno@ugr.es 

María Núñez

OPTIMIZACIÓN USO DE ANTIBIÓTICOS

INTEGRIDAD DE LA INVESTIGACIÓN

MicroMundo@UCM

Jéssica Gil Serna (jgilsern@ucm.es)

Víctor J. Cid (vicjcid@ucm.es)

CIENCIA CIUDADANA Y APRENDIZAJE-SERVICIO PARA EL DESCUBRIMIENTO DE BIOACTIVIDADES ANTIBIÓTICAS EN SUELOS.

Objetivos:
Divulgar cultura científica a la Sociedad sobre la resistencia a los antimicrobianos y el uso racional de estos desde una perspectiva One Health

Crear vocaciones en estudiantes de ESO y Bachillerato hacia los Grados universitarios en Ciencias Experimentales y la investigación en Biomedicina

Web

Conceptualizing and implementing public interest in pharmaceutical R&D

Vincenzo Pavone
Mauro Turrini
Catalina Martínez
Adrián Alonso Ruiz

Desarrollo e implementación de políticas públicas para la innovación farmacéutica accesible en nuevos antibióticos.
Fijación de prioridades de I+D y basadas en necesidades de salud pública global
Papel de organizaciones multilaterales (OMS) en la mejora del acceso a la información y a los medicamentos.
Papel del ecosistema de I+D español en la innovación farmacéutica y el acceso equitativo global.

Síntesis de fármacos y compuestos bioactivos

Alicia Boto (alicia@ipna.csic.es),
Dacil Hernández (dacil@ipna.csic.es)

ONE HEALTH y Tratamientos para Combatir la Resistencia a Antimicrobianos: Aplicaciones a Biomedicina, Veterinaria y Agricultura
Péptidos antimicrobianos
Inhibidores del Quorum Sensing
Compuestos fluorescentes para Fototerapia e Imagen Molecular
Desarrollo de Procesos más Sostenibles: Modificación selectiva de Péptidos

Transductores químicos

César Fernández Sánchez (cesar.fernandez@csic.es)
Antoni Baldi Coll (Antoni.Baldi@im-cnm.csic.es
Manuel Gutiérrez Capitán (Manuel.gutierrez@imb-cnm.csic.es)
Xavier Muñoz Berbell (Xavier.munoz@imb-cnm.csic.es)
Cecilia Jiménez Jorquera (Cecilia.jimenez@csic.es)

PLATAFORMAS ANALÍTICAS MINIATURIZADAS COMO HERRAMIENTAS DE DIAGNÓSTICO TEMPRANO
Dispositivos para la medida de parámetros bioquímicos en muestras líquidas que integran trasductores químicos con reacciones biológicas, components fluídicos para automatización de medida y electronica a la carta

Web

Enfoque interdisciplinar para para combatir la resistencia a los antibióticos utilizando estrategias moleculares, estructurales y nanotecnológicas (INTER-RA)

Dra. Itziar Alkorta Calvo (itzi.alkorta@ehu.eus)
Dra. Lide Arana Urbieta
Dra. Ianire Mate Otaño
Dra. Sofía Ruiz-Cruz

Bacterial conjugation is the main process by which bacteria acquire resistance to antibiotics.
Therefore, the general aim is to understand the molecular mechanisms of bacterial conjugation to find specific inhibitors of one of the key proteins in the process, the coupling protein.

Grupo nanomedicina, imagen molecular y modelos 3D (NI3D)

Ana González Paredes

ana.gonzalez@iqm.csic.es

Una de las líneas de trabajo del grupo NI3D está enfocada en el desarrollo de nanopartículas antivirulencia para combatir las infecciones resistentes asociadas a la formación de biopelículas, previniendo su formación o eliminando biopelículas ya maduras, mediante un mecanismo de acción menos propenso al desarrollo de nuevas resistencias. Hasta el momento hemos desarrollado una colección de nanopartículas lipídicas y metálicas que han demostrado su capacidad para prevenir la formación de biopelícula o su eliminación una vez formada en diferentes patógenos humanos, como Haemophilus influenzae no tipable, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, y vegetales como Fusarium oxysporum. Además, estas nanopartículas han demostrado su biocompatibilidad tanto in vitro como in vivo. Estos resultados y la posibilidad de incorporar moléculas activas en su núcleo demuestran su alto potencial terapéutico.

Chemoinformatics Information Fusion & Perturbation-Theory Machine Learning (CHEM.IFPTML)

Prof Humbert G Díaz (PI)

Prof Sonia Arrasate (Co-PI)

The principal tools used in our group are the result of combining Cheminformatics, Artificial
Intelligence (AI), Machine Learning (ML) algorithms. We put special emphasis on the use of
Cheminformatics Information Fusion and Perturbation-Theory Machine Learning (CHEMIF.PTML)
method developed and published by our group. Our partners/clients are mainly, but not
limited to, Biophysics, Organic Chemistry, Medicinal Chemistry, Pharmaceutical, Biotechnology,
Nanotechnology, and Biomedical Engineering Industry and Research centers.

Web

Química médica y biológica traslacional

Carmen Gil: carmen.gil@csic.es
Ana Martínez: ana.martinez@csic.es

DISEÑO Y SÍNTESIS DE NUEVOS FÁRMACOS

-Investigación multidisciplinar
-Síntesis orgánica
-Modelización molecular
-Propiedades ADME
-Cribado biológico

Web

Microbiología del agua

Carles Borrego (cborrego@icra.cat)
José Luís Balcázar (jlbalcazar@icra.cat)

Ecología del resistoma acuático en aguas naturales y urbanas
Efecto de la contaminación antropogénica sobre la abundancia y diversidad del resistoma acuático.
Papel de los bacteriófagos en la diseminación de resistencias a antibióticos.
Vigilancia de resistencias a antimicrobianos en agua residual
Diversidad microbiana y calidad del agua

Web

Bioinformatics and computational biology lab

Miguel A. Fortuna

Our computational biology lab uses digital evolution to design and execute evolution and coevolution experiments.we pre-adapt phages in a digital twin to promote coevolutionary dynamics with their bacterial hosts.

PatoGenOmica

Mireia Coscollá (mireia.Coscolla@csic.es)

1-Host-Path-Omics: Determinantes de virulencia en Mycobacterium tuberculosis, Legionella pneumophila y Brucella melitensis.

2-Epidemiología genómica de bacterias y virus.

3-Modificadores de la tasa de adquisición de resitencias en Mycobacterium tuberculosis.

Infecciones bacterianas y tratamientos

Younes Smani (ysma@upo.es)

• Interacción patógeno-huésped e identificación de nuevas dianas terapéuticas
• Nuevos mecanismos de resistencia antimicrobiana
• Nuevas estrategias para el tratamiento de infecciones bacterianas

Web

Química médica y biológica traslacional

Carmen Gil: carmen.gil@csic.es
Ana Martínez: ana.martinez@csic.es

DISEÑO Y SÍNTESIS DE NUEVOS FÁRMACOS

-Investigación multidisciplinar
-Síntesis orgánica
-Modelización molecular
-Propiedades ADME
-Cribado biológico

Web

Exposomics, pollution and agriculture

Aves acuáticas como vectores

Andy Green ajgreen@ebd.csic.es
Web

Marta I. Sánchez marta.sanchez@ebd.csic.es
Web

• Dispersión de AMR a través de las aves acuáticas.
• Efecto de la especie, individuo, y uso del habitat en la adquisición y dispersion de AMR.
• Impacto de las aguas residuales y las EDARs sobre AMR en el ganado bovino.
• Interacción entre resistencias y otros contaminantes (metales pesados y plástico).

Variación genética y enfermedad

Carlos Flores cflores.genomica@gmail.com

• Genómica de agentes infecciosos y vigilancia de virus respiratorios
• Diagnostico temprano y nuevas estrategias terapéuticas en el paciente critico
• Diagnosis temprana y factores genéticos implicados en enfermedades de base inmunológica
• Desarrollo y evaluación de nuevas herramientas bioinformáticas

Biología molecular de las infecciones

Daniel López dlopez@cnb.csic.es

Caracterización estructural y funcional de los microdominios de membrana en bacterias

Web

Gago Ferrero, Pablo (PI)
Marquès Bueno, Montse (PI)

New technology for identification of unknown environmental pollutants. Developed an integrated workflow for real non-target analysis of organic pollutants.
Prenatal exposome and new insights of the placenta barrier
The exposome and human health, application of interdisciplinary research to better understand adverse health outcomes and environmental factors
Antimicrobial resistance spread through (bio)aerosol in indoor and outdoor locations
Mapping Antimicrobial Resistance Transfer: Assessing Impacts of Agrochemical Runoff.

Web

Diagnóstico y Epidemiología Genómica de Patógenos (DxEpiPat)

Elisa Martró, PhD
emartro@igtp.cat

Mycobacterium tuberculosis complex: vigilancia y epi genómicas de todos los casos cultivo + de Catalunya.

Bacterias multirresistentes: epi genómica de brotes nosocomiales y cepas circulantes en la comunidad.

ITS:
– Resistencias VIH
– Prevalencia y monitoreo de resistencias en Treponema pallidum y Neisseria gonorrhoeae y su impacto en SP

Web

Epidemiología molecular

Fernando González Candelas fernando.gonzalez@uv.es

Epidemiología genómica de las resistencias a antimicrobianos:
Resistencias a C3G y carbapenemes en Enterobacterias.
Enterococos resistentes a vancomicina.
Resistencias en N. gonorrhoeae.
Filogenómica, filodinámica, genómica de poblaciones y filogeografía de bacterias.

Transferencia horizontal entre bacterias citoplasmáticas.

Integración de datos genómicos y epidemiológicos.

Determinantes genéticos de resistencias a antimicrobianos

Web

Microbiología estructural

Juan A. Hermoso xjuan@iqf.csic.es

A) Human:

Host-Pathogen Interactions
Escaping Immune System
Virulence mechanisms
Fratricide
Microbiota competition
Chemical War

SIGN-R1: a new Complement activation pathway

B) Bacteria:

Regulation of PG hydrolases in Cell division
Germination in C. difficile
Cell wall remodelling and OM stabilisation by LD-transpeptidases
Interspecies communication
Non-canonical D aa: cell-wall regulation & bacterial language??

C) Antimicrobials:

Structure-based design of new antibiotics
Enzybiotics (phage encoded lysins)

D) Resistance:

Antibiotics Resistance in Multidrug Resistant Pathogens (MRSA, Pa..)
Peptidoglycan Recycling System
Origins of broad-spectrum β-lactam resistance: dissection of MBL

Web

Estructura, dinámica e interacciones de proteínas por RMN

M. Ángeles Jiménez majimenez@iqf.csic.es 

Estructura, dinámica, e interacciones
de biomoléculas mediante RMN:
• Péptidos con potencial terapéutico:
Relaciones estructura / actividad
• Transiciones horquilla b / hélice a
• Efecto de la fosforilación (Thr, Ser, Tyr)
en péptidos
• Reconocimiento molecular
• Caracterización de IDPs
• Desarrollos metodológicos

Web

Unitat de Microbiología Clínica i Experimental (UMCIE)

Pere-Joan Cardona pcardonai.germanstrias@gencat.cat

• Evaluación de nuevos candidatos antimicrobianos mediante el modelo de Drosophila melanogaster.
• Evaluación de nuevos candidatos antimicrobianos mediante el modelo de ratón.
• Caracterización de cepas multirresistentes mediante IR Biotyper.

Web

Biología y evolución de microorganismos

Rafael Cantón rafael.canton@salud.madrid.org

Desarrollos científico-técnicos

• Desarrollo de plataformas bioinformáticas en el análisis de patógenos multirresistentes y la relación entre fenotipo de resistencia y resistotipo.
• Identificación de nuevos mecanismos de resistencia con relevancia clínica.
• Detección de clones de alto riesgo asociados a la persistencia y dispersión de resistencia.
• Desarrollo de plataformas disruptivas en la detección de patógenos en sepsis y estudio de sensibilidad a los antimicrobianos.
• Nuevas terapias en la lucha frente a la resistencia (transferencia fecal).
• Aplicación de metabolómica/lipidómica en el estudio de la estructura poblacional de bacterias resistentes.

Web

Regulación génica en Streptomyces

Margarita Díaz mardi@usal.es

Ramón Santamaría ri.santamaria@csic.es

ESTUDIO DE REGULADORES DE LA PRODUCCIÓN DE ANTIBIOTICOS EN Streptomyces.
Objetivos:
Establecer las rutas de regulación de distintos sistemas de dos componentes.

Desarrollar un sistema para identificar las señales que disparan la actividad de los distintos sistemas de dos componentes.

AISLAMIENTO Y ESTUDIO DE CEPAS DE ACTINOMYCETOS PRODUCTORAS DE ANTIBIOTICOS Y/O ANTIFÚNGICOS
Objetivo
Selección de cepas productoras de antimicrobianos frente a microorganismos fitopatógenos.

Web

Ecología y evolución de la resistencia a los antibióticos – Evolución para abordar las infecciones bacterianas

Sara Hernando Amado shernando@cnb.csic.es

Estudiamos la evolución de la resistencia a los antibióticos asociadas a mutaciones cromosómicas, con un interés principal en el patógeno ESKAPE P. aeruginosa.
Realizamos experimentos de evolución adaptativa en laboratorio para predecir y comprender la evolución de la resistencia a los antibióticos y sus trade-offs evolutivos asociados.

Web

Química biológica computacional

Sonsoles Martín-Santamaría
smsantamaria@cib.csic.es  

Estudios de membranas bacterianas resistentes
– Diseño de péptidos antimicrobianos
– Modulación por lipopolisacáridos, lipopéptidos y proteínas de la microbiota
– Modulación de la conjugación bacteriana (proteínas acopladoras Tipo 4)
– Reconocimiento molecular de receptores de la inmunidad Toll-like y lectinas

Biotecnología enzimática

Isabel de la Mata Riesco

idlmata@ucm.es 

DESARROLLO DE NUEVOS BIOCATALIZADORES ENZIMÁTICOS
Producción de enzimas por fermentación de microorganismos (bacterias, hongos o levaduras)
Caracterización estructural y funcional de enzimas
Modificación mediante mutagénesis y evolución molecular dirigida de enzimas
Inmovilización de enzimas

Web

Grupo de patología de peces

Alberto Falcó

idlmata@ucm.es 

GRUPO DE PATOLOGÍA DE PECES

El Grupo de Patología de Peces ha centrado históricamente su actividad investigadora en las infecciones producidas por organismos parásitos, pero con sus recientes incorporaciones ha ampliado este campo a bacterias y virus. El grupo ha participado en varios programas de investigación nacionales e internacionales en los que se han abordado aspectos patológicos, epidemiológicos e inmunológicos de estos organismos. Estos estudios incluyen el cultivo in vitro, la caracterización antigénica, la evaluación de la respuesta inmunitaria innata y específica, la histopatología, los mecanismos patogénicos y la búsqueda de antimicrobianos. Se mantiene un equilibrio entre la investigación básica y aplicada, que abarca el desarrollo de test de diagnóstico, tratamientos e inmunoprofilaxis. La oferta tecnológica del grupo incluye servicios de diagnóstico, estudios integrales de las condiciones de salud en instalaciones acuícolas, programas de vigilancia epidemiológica y la coordinación científica de iniciativas conjuntas de investigación público-privada. Sus líneas de investigación cuentan con financiación de proyectos europeos, del Plan Nacional, de la Generalitat Valenciana y de contratos con empresas. Recientemente se ha puesto en marcha una nueva línea de investigación para evaluar los efectos de las dietas y los aditivos en los piensos sobre el estatus inmunológico de los peces y su susceptibilidad a enfermedades, en el marco de proyectos europeos como AQUAMAX, AQUAEXCEL y ARRAINA, así como colaboraciones con empresas como NOVUS International, NOREL, SKRETTING y ADISSEO.

Web

Grupo de patología de peces

Laura Díaz Sáez

ldiaz@iqf.csic.es

LABORATORIO DE INVESTIGACIÓN EN FÁRMACOS ANTIMICROBIANOS

Laboratorio de biología estructural, enzimología y biofísica para la generación de nuevas clases de antimicrobianos. La investigación se centra principalmente en Tuberculosis, con proyectos adicionales en patógenos ESKAPE, y otros organismos intracelulares. Colaboramos con grupos internacionales incluyendo expertos en química medicinal y microbiología.

Web

Grupo Biofactorías Fúngicas (FungalFact)

Paloma Manzanares Mir

pmanz@iata.csic.es

GRUPO DE BIOFACTORÍAS FÚNGICAS (FungalFact)

El grupo es experto en microbiología de alimentos, biotecnología de hongos filamentosos y levaduras, y en la caracterización de péptidos y proteínas antifúngicas. Nuestra investigación está alineada con tres objetivos principales, desde los más consolidados hasta los estratégicos y futuros: (1) identificación, caracterización del modo de acción y producción biotecnológica de péptidos y proteínas antifúngicas; (2) el desarrollo de herramientas de edición genética y biología sintética para impulsar el uso biotecnológico de hongos filamentosos; (3) el desarrollo de hongos como biofactorías sostenibles y eficientes para la producción de biomoléculas y proteínas de interés agroalimentario, incluyendo las proteínas antifúngicas, y el aprovechamiento de residuos. Aplicamos técnicas microbiológicas, bioquímicas, biotecnológicas y de genética molecular junto con aproximaciones de biología celular y enfoques de genómica funcional

Web

Biología de Sistemas en Levaduras de Interés Biotecnológico (SBYBI)

Sergi Puig Todolí

spuig@iata.csic.es

Biología de Sistemas en Levaduras de Interés Biotecnológico (SBYBI)

El cobre (Cu) y el hierro (Fe) son micronutrientes esenciales para todos los organismos eucariotas, ya que participan como cofactores redox en múltiples procesoscelulares, entre ellos la síntesis de moléculas biológicas (ADN, proteínas, lípidos), la respiración y la fotosíntesis. Cuando están presentes en exceso, ambos metales participan en reacciones que facilitan la formación de especies reactivas de oxígeno (ROS), dañando las células a múltiples niveles. Por ello, los organismos han desarrollado sofisticados mecanismos, tanto a nivel celular como sistémico, para controlar la homeostasis del cobre y el hierro. En el CuFeLab, se utiliza la levadura Saccharomyces cerevisiae como modelo para investigar las respuestas de los organismos eucariotas a las alteraciones en la biodisponibilidad del cobre y el hierro. Son de especial interés los efectos de la deficiencia de hierro, que es la deficiencia nutricional más prevalente y una condición estrechamente relacionada con las infecciones microbianas, y el exceso de cobre, debido a su amplio uso como fungicida y bactericida, y por sus funciones antimicrobianas en los macrófagos. Las actividades de investigación actuales del CuFeLab incluyen: (1) Mecanismos de adaptación a la deficiencia y el exceso de cobre y hierro en levaduras y células de mamíferos: regulación de la expresión génica, la traducción y la síntesis de ADN; (2) Mecanismos de patogénesis fúngica: contribución del metabolismo del hierro y el cobre a la susceptibilidad a los compuestos antifúngicos; y (3) Estrategias sostenibles para aumentar la resistencia al cobre y su acumulación en especies de levadura de interés enológico.

Web

Fisiología, Patología y Biotecnología de Postcosecha

Ana Rosa Ballester

anarosa.ballester@iata.csic.es

Luis González

luis.gonzalez@iata.csic.es

Fisiología, Patología y Biotecnología de Postcosecha

Nuestro primer objetivo es profundizar en el conocimiento de los mecanismos de virulencia y especificidad de los patógenos, así como en las respuestas de
defensa de los frutos frente a patógenos y no patógenos, como paso clave para orientar la búsqueda de nuevos tratamientos de control alternativos a los
fungicidas actualmente en uso. Utilizamos enfoques genómicos para desentrañar los mecanismos de patogenicidad. También trabajamos en el desarrollo de nuevos métodos para controlar las enfermedades postcosecha, desde agentes de control biológico hasta nuevos compuestos químicos que actúan sobre los factores de virulencia de los patógenos.

Web

Biología y Evolución de Plásmidos (PBE)

Álvaro San Millán Cruz

alvsanmillan@gmail.com

En el PBE estudiamos los factores ecológicos y evolutivos que determinan el éxito de los plásmidos con resistencia a antibióticos en las comunidades microbianas. A lo largo de los últimos años, nos hemos centrado en el estudio de enterobacterias clínicas portadoras del plásmido de resistencia a carbapenémicos pOXA-48, distribuido globalmente. Utilizando una gran colección de enterobacterias productoras de carbapenemasas tomadas de pacientes en un hospital madrileño, hemos caracterizado la epidemiología y la evolución de este plásmido en gran detalle. En nuestras líneas de investigación actuales combinamos técnicas de genómica, transcriptómica, ingeniería genética y silenciamiento de DNA utilizando CRISPRi para diseccionar las bases moleculares subyacentes a las asociaciones exitosas entre clones de enterobacterias clínicas de alto riesgo y los plásmidos que codifican carbapenemasas.

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Laboratorio de Investigación en Fármacos Antimicrobianos

Susana Astiz Blanco

astiz.susana@inia.csic.es

Estudio, desarrollo y aplicación de técnicas de manejo reproductivo y global para incrementar la producción y sostenibilidad, favoreciendo la conservación tanto in situ, como ex situ, mediante la instauración de bancos de germoplasma, fundamentalmente de razas y especies en peligro de extinción o de especial interés.

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Seguridad Microbiológica de Alimentos

David Pérez Boto

perez.boto@inia.csic.es

Nuestra investigación se orienta hacia la mejora de la seguridad microbiológica de alimentos, principalmente en productos de origen animal, así como en el estudio de las poblaciones de bacterias patógenas presentes, que pueden causar brotes e intoxicaciones alimentarias. Estudiamos la caracterización genética y trazabilidad de contaminaciones bacterianas persistentes en la industria, el estudio de la capacidad de formar biofilms. Nos interesan los mecanismos moleculares de respuesta de los patógenos a antimicrobianos o tratamientos tecnológicos.

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Microbiome and Antimicrobial Resistance

Narciso Martín Quijada

nmq@usal.es

Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG-CSIC-USAL)

We are interested in investigating the microbiome and the antimicrobial resistance (AMR) mechanisms emerging and occurring from soil to humans (“One Health). For doing so, we apply DNA/RNA sequencing technologies (Illumina, Oxford Nanopore Technologies, Pacbio; including: metataxonomics, genomics, RNAseq, sRNAseq, metagenomics or metatranscriptomics among others) and we develop and customized bioinformatic frameworks. Additionally, we develop software for performing AMR screening in:

• Fungi: Chromosome Query Targets, ChroQueTas
• Bacteria: TORMES

We are very active and involved in many different projects. These are some of the main research lines:

• Development of software for antifungal resistance.
• Antifungal resistance in Candidozyma auris.
• Resistome evolution in human early-life and impact of delivery mode and lactancy.
• Microbial dynamics over cheese microbiome after application of specifically designed synthetic communities.
• Microbial and AMR monitoring in slaughterhouses and households.

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Microbiome and Antimicrobial Resistance

Julio Álvarez Sánchez

jalvarez@visavet.ucm.es

Estudiamos la epidemiología y la resistencia a los antimicrobianos de patógenos bacterianos relevantes para la sanidad animal, la salud pública y la seguridad alimentaria. Combinamos herramientas de epidemiología cuantitativa y molecular, análisis genómico y evaluación de factores de riesgo para comprender la diversidad, emergencia y diseminación de cepas y mecanismos de resistencia. Nuestro trabajo se apoya en datos y aislados procedentes de programas de vigilancia y monitorización, incluyendo patógenos transmitidos por alimentos como Salmonella enterica y Escherichia coli, desde una perspectiva One Health.

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Laboratorio de referencia de E. coli (LREC)

Ana Fresno Herrero

ana.fresno@usc.es

El grupo desarrolla investigación sobre la resistencia a los antimicrobianos en Escherichia coli y otros patógenos zoonósicos desde un enfoque One Health, integrando la salud humana, animal y ambiental. Sus líneas de trabajo incluyen la vigilancia y caracterización molecular de cepas resistentes, el estudio de mecanismos de resistencia y virulencia mediante herramientas genómicas y ómicas, la detección y tipado de E. coli patógenas en muestras clínicas y alimentos, y el desarrollo de nuevas estrategias de prevención, control y tratamiento, como vacunas y terapias innovadoras (probióticos, nuevos antimicrobianos etc) frente a infecciones por E. coli.

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Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos (IREC-CSIC/UCLM)

Ursula Höfle

ursula.hofle@uclm.es

El laboratorio Birdpath, integrado en el grupo de investigación de salud y biotecnología (SaBio) del IREC, investiga enfermedades infecciosas en aves. Nuestro enfoque se centra especialmente en la interacción entre la ecología de los hospedadores aviares, los cambios de origen antrópico y la epidemiología de las enfermedades. En este marco, estudiamos la gripe aviar, los flavivirus, otros virus aviares bacterias resistentes a los antibióticos (y levaduras resistentes a antifúngicos) tanto en especies comunes (cigüeña blanca, estornino negro, gorrión común, gaviota patiamarilla y gaviota reidora) como en especies amenazadas (quebrantahuesos, pelícano ceñudo, etc.). En el ámbito de la resistencia a los antimicrobianos (RAM), nuestros estudios se centran en las enterobacterias y tienen como objetivo determinar los mecanismos y las fuentes de adquisición de bacterias resistentes a los antibióticos en diversas especies de aves, así como el papel que desempeñan las aves y sus desplazamientos en la propagación de la RAM. Para ello, combinamos microbiología, toxicología, ecología del movimiento, epidemiología y bioinformática en estudios descriptivos y experimentales.

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